Có ba phương pháp lập trình máy công cụ CNC: lập trình thủ công, lập trình tự động và trung tâm gia công CAD/CAM.
Lập trình thủ công: Điều này liên quan đến việc phân tích thủ công các bản vẽ bộ phận, kỹ thuật xử lý, thực hiện các phép tính số, viết danh sách chương trình cũng như nhập và xác minh chương trình. Nó phù hợp cho gia công điểm-đến{2}}điểm hoặc các bộ phận có hình học tương đối đơn giản; tuy nhiên, việc này rất tốn thời gian-và dễ xảy ra lỗi khi lập trình các phần phức tạp.
Lập trình tự động: Điều này liên quan đến việc sử dụng máy tính hoặc máy lập trình để hoàn tất quá trình tạo chương trình phần. Nó rất thuận tiện cho các bộ phận phức tạp.
CAD/CAM: Điều này sử dụng phần mềm CAD/CAM để đạt được lập trình tự động dựa trên mô hình và hình ảnh. Phần mềm điển hình nhất là MasterCAM, có thể lập trình các nguyên công phay bằng cách sử dụng hệ tọa độ hai{1}}trục, ba{2}}trục, bốn-trục và năm{4}}trục, cũng như tiện và nối dây EDM. Mặc dù loại phần mềm này có chức năng hạn chế nhưng nó rất đơn giản để học và tương đối rẻ tiền.
